Pondok Buntet Pesantren didirikan oleh Mbah Muqoyyim pada
1750 Masehi yang bertempat di Blok Manis, Depok Pesantren Desa Mertapa Kulon,
Kecamatan Astanajapura, Kabupaten Cirebon. Buntet Pesantren adalah perkampungan pesantren
yang didalamnya banyak berdiri pesantren dan lebih dari 50 Pesantren dengan
nama dan ukuran yag berbeda-beda telah berdiri di kampung Buntet Pesantren .
Kisah bermula dari kekecewaan Muqoyyim yang sebelumnya menjabat sebagai penghulu di Keraton. Karena keraton berpihak kepada kolonial Belanda, Muqoyyim akhirnya mengundurkan diri dari keraton dan mendirikan Pesantren Buntet. Konon nama Buntet berasal dari peristiwa penculikan putri Raja Galuh bernama Putri Dewi Arum Sari oleh Buto ijo saat bulan madu bersama suaminya Pangeran Legawa, putra Ki Ageng Sela. Putri Arum Sari yang sedang mandi tiba-tiba diculik buto ijo dan dibawa ke hutan Karendawahana (diperkirakan sekitar Buntet sekarang).
Awalnya Mbah Muqoyyim mendirikan Pesantren Buntet di Kedung Malang, Desa Buntet, Kecamatan Astanajapura, Cirebon. Ia membangun rumah sangat sederhana, langgar (surau), dan beberapa kamar santri. Banyak masyarakat yang tertarik untk belajar mengaji kepada Muqoyyim. Belanda yang mengetahui akan kegiatan dan keberadaan Muqoyyim langsung menyerangnya. Mbah Muqoyyim bersama sahabatnya Kiai Ardi Sela lolos dari sergapan. Ia pun menuju Desa pesawahan Sindanglaut, sekitar 10 kilometer dari pesantren Buntet.
Gagal menangkap Muqoyyim, Belanda melampiaskan amarahnya dengan menghancurkan pesantren Buntet. Mbah Muqoyyim dan keluarga beserta para santri pindah ke pesawahan Sindanglaut, yaitu di rumah Kiai Ismail Sembirit (adik kandung Mbah Muqoyyim) kegagalan Belanda dalam misi penangkapan terhadap Mbah Muqoyyim di Dusun Kedung Malang membuat Belanda semakin murka. Meraka kembali mempersiapkan misi untuk menangkap Mbah Muqoyyim.
Merasa dirinya selalu menjadi target penangkapan Belanda , maka Mbah Muqoyyim meninggalkan pondok pesantren Pesawahan kemudian berpetualang ke Pemalang sebelum kembali ke Cirebon dan membangun lagi pesantren Buntet. Lokasinya bukan di kedung Malang, tapi berpindah Ke Blok Manis dan bertahan hingga sekarang.
Ketua Yayasan Pendidikan Islam Buntet Peantren, KH Adib Rofiuddin Ihza menceritakan bahwa dulu masyarakat yang ingin mondok di Buntet merasa seperti di Buang. Sebab, pesantren yang berada di tengah hutan. Lokasi itu sengaja dipilih sebagai tempat persembunyian dari serangan Belanda. Sistem pendidikan yang awalnya hanya mengaji saja mulai berpikir untuk menerapkan pendidikan formal setelah pascatragedi Sumpah Pemuda.
Saat itu, sistem pendidikan formal hanya dilakukan di lembaga pendidikan Belanda. Dari tragedi Sumpah Pemuda itu, munculah jiwa nasionalisme yang semakin tumbuh dan para kiai berpikir santri pun harus bisa mendapatkan pendidikan formal. " Lalu berdirilah pendidikan madrasah ibtidaiyah yang kemudian terus berkembang hingga sekarang, dan sekarang sekitar 4.000 santri menimba ilmu di Buntet Pesantren."Ujarnya.
